O custo em termos de doenças e merma da saúde derivado da exposição a contaminantes atmosféricos pode situar-se entorno a R$ 180 milhões anuais.

O problema das emissões de material particulado é especialmente relevante para as áreas fortemente povoadas, porque tanto os níveis de emissões quanto os efeitos provocados são mais importantes. Por este motivo, a presente avaliação considera só os núcleos urbanos com povoamento acima de 30.000 habitantes. O uso de uma relação de MP por veículo e ano implica a hipótese de que, em média, a composição da frota de veículos da RMSP (antiguidade dos veículos, repartição por tipo de combustível utilizado) é semelhante a outras regiões metropolitanas; e que um veículo na RMSP percorre uma distância média semelhante anualmente a um veículo de uma outra região metropolitana do Brasil. O valor unitário dos custos do MP resultante dos estudos feitos no Brasil é de R$ 470.000 por tonelada de MP (custo aproximadamente, 14.000 vezes maior que o custo da tonelada de CO2).

Milhares de atendimentos médicos são realizados pela rede pública de saúde nos municípios abrangidos pelas três bacias hidrográficas em análise, em virtude de doenças respiratórias, como pneumonia, bronquite e asma. Entre 2008 e 2013, ocorreram mais de 1.200 óbitos devido a infecções respiratórias, o maior índice de mortalidade provocado em localidades próximas a zonas industriais com alta concentração de queima e carvão e lenha. Poucas práticas são adotadas para amenizar a pressão sobre o meio ambiente, particularmente, a contaminação do ar e, por consequência, o risco a saúde humana, dentre elas o tamanho adequado das chaminés e o uso de filtros, bem como a doação ou a comercialização das cinzas resultante da queima para fins agrícolas.